¿Es interesante tener muchas particiones en el mismo disco duro para evitar virus?

¿Es interesante tener muchos discos duros, aunque sea con una única partición en cada uno, para evitar virus?

Correcto.

Efectivamente, el particionado múltiple no agrega seguridad antivirus a nuestro sistema.

El formateado, es decir, el sistema de archivos, sí que puede incrementar la seguridad del sistema, incluyendo entre otras, implícita o explícitamente, medidas antivirus. Por ej si tenemos dos sistemas operativos y usamos uno de ellos habitualmete para acceder a internet y para probar programas "dudosos", podríamos mantener a salvo al otro sistema operativo si su sistema de archivos está cifrado haciendo que su acceso para escritura sea imposible. Esto está casi perfectamente implementado en los sistemas Linux y en los Windows Server. En otros sistemas de gama semiprofesional y de hogar esta protección no existe. Aún así, cada día aparecen nuevos agujeros de seguridad detectados en aquellos casi perfectos sistemas. Por eso lo de "casi".