¿Puede haber particiones sin formatear, y, al mismo tiempo, particiones formateadas?

Incorrecto.

Es cierto que se desperdicia disco pero sigue sin ser necesario que todas las particiones estén formateadas. Solo será necesario que estén formateadas las particiones que tiene que usar el sistema operativo. En particular la partición de arranque y las particiones de memoria virtual (/swap de Linux o la unidad donde se albergue la Memoria Virtual de Windows, si es distinta de la de arranque)